위 현상이 발생시 임시방편입니다...
Documents and Settings 폴더 아래에 .으로 시작하는 폴더들이 몇개 있습니다.
그 폴더들을 삭제하면 jBuilderx를 설치했을 때의 상태로 프로그램이 시작됩니다.
환경을 다시 잡아주어야 하는 약간의 번거로움은 있지만 어쩔수 없지요..