Run 메뉴의 Configuration에서 설정할 수 있구요.(실행버튼 옆에 있는 작은 역삼각형 버튼을 눌러 아래 메뉴의 configuration을 통해 설정해도 됩니다.)
중요한 것은 실행시킬 어플리케이션의 타입입니다.

main 함수를 가지는 일반적인 자바 어플리케이션은 Type에 Application으로 설정하고 실행하고자 하는 main함수를 가지고 있는 클래스를 선택해 주시면 됩니다.

Server는 해당 설정된 서버 타입에 따라 작동하는데 기본으로는 tomcat이 설정되어 있기 때문에 웹만 실행시킬 수 있습니다.
jsp, Servlet을 선택해 주시면 되겠죠.

EJB 컨테이너를 실행시키로 로컬로 배포하시기 위해서는 Configuration Server에서 j2ee가 가능한 서버를 설정해야 합니다.

guest 님이 쓰신 글 :
: JBuilderx 트라이얼 버전입니다.
:
: 프로젝트 런타임시 run time configuration을 어떻게 설정하는건가요???
:
: 실행이 안되네요...